Sau trận chiến lớn ở Tokyo Bay, tàu ngầm hạt nhân Nhật Bản Yamato tiếp tục hành trình hướng tới New York. Con tàu do thuyền trưởng Shirou Kaieda chỉ huy được xem như biểu tượng gây tranh cãi giữa hòa bình và khủng hoảng quân sự. Khi đi qua khu vực eo biển Bering và Bắc Băng Dương, Yamato bị truy đuổi bởi một tàu ngầm hạt nhân tối tân của Mỹ, do Tổng thống Mỹ ra lệnh tiêu diệt vì coi Yamato là “mối đe dọa khủng bố hạt nhân”.