Aaron Cross – một người từng tham gia chương trình tuyệt mật của chính phủ. Chương trình đột ngột bị dừng lại tất cả những người tham gia thử nghiệm đều bị giết hại. Aaro Cross may mắn trốn thoát và quyết tâm thoát khỏi sự truy đuổi của CIA… Trong phần này, nội dung không tập trung vào J. Bourne nữa mà đào sâu vào bí mật đằng sau những chương trình mà các phần trước thường xuyên nói tới như Treadstone, Blackbriar.