Mùa 2 tiếp tục theo chân Tiến sĩ Temperance Brennan và đặc vụ FBI Seeley Booth khi họ điều tra các vụ án mạng mà nạn nhân chỉ còn lại hài cốt. Các vụ án trở nên phức tạp và u ám hơn, đòi hỏi đội Jeffersonian áp dụng khoa học pháp y ở mức cao hơn.