Sau khi xác định được kẻ bí ẩn "Why-Man" có liên quan đến Mặt Trăng, Senku và Vương quốc Khoa học bắt đầu dự án lớn nhất từ trước đến nay: chế tạo tàu vũ trụ để lên Mặt Trăng và tìm ra nguyên nhân khiến toàn bộ nhân loại bị hóa đá 3.700 năm trước. Để làm được điều đó, họ phải đi vòng quanh thế giới thu thập tài nguyên và công nghệ cần thiết.